Följande är bevarade handskrifter av Petrus Artedi:
• Catalogus Piscium Maris Balthici ut et Fluviorum ac Lacuum Sveciae — hösten 1734 Sloane Manuskript 3870 i British Museum. (Författat hösten 1734)
• Anteckningar i ”Physicæ Synopsis” — Linnean Society i London.
• X1002 i Kungliga biblioteket, Bland bokhandlare L. De Vylders 21 handskrifter finns en volym betitlad “små Tractater, dels avskrefne & dels sammanfattande af den bekande Peter Artedi”, detta skrivet av den tidigare ägaren D.L. Meyer. Volymen innehåller ett antal avskrifter, samtliga utom en gjorda av Petrus. Det är fyra skrifter med anknytning till alkemin, samt ett antal skrifter om ekonomi(jordbruk).
• Avskrift av Olof Rudbecks föreläsningar 1704, 1707 och 1709 om växters medicinska användning, Uppsala Universitetsbibliotek D245
• Kyrkböckerna i Nordmaling troligen förda av Peter perioden sommaren 1728 till senvinter 1729, när fadern var dålig och dog
• Volymen X1002 innehåller ett brev skrivet av Petrus i Amsterdam i september 1735 till sina släktingar i Sverige. Troligtvis har handskriftsvolymen lämnats kvar hos Petrus släktingar, när han reste utomlands och brevet har tillfogats volymen av släkten.